武功秘诀作为大掌门2中提升战力的核心要素，其运用技巧直接影响战斗胜负。合理搭配不同品质的武功是基础策略，甲级武功如天山六阳掌、降龙十八掌等虽触发几率较低但威力惊人，适合作为终结技；乙级武功如九阴白骨爪则因高触发率更适合日常战斗。战斗中需根据弟子特性选择对应类型武功，攻击型弟子优先搭配外功，防御型则侧重内功与护体类武功，通过武功与弟子属性的契合度最大化输出或生存能力。
战斗中真气值的积累速度决定了技能释放频率，需预判敌方行动节奏，在关键回合保留真气用于爆发或防御。群体伤害型武功适合在敌方聚集时使用，而控制类武功则应在敌方高威胁单位行动前施放。心法系统与武功形成联动，如冯虚御风心法可加速真气回复，使弟子更快释放强力武功，这种资源管理能力往往是胜负的分水岭。
通过参悟其他武功提升当前武功等级时，应优先强化核心弟子的主力技能。残章拼合是获取高阶武功的重要途径，需针对性挑战特定副本或参与夺残章活动。部分武功存在联动效果，当特定弟子组合同时上阵时，合璧技能往往能突破常规威力限制，这种羁绊关系在组建阵容时就应纳入考量范围。
面对不同敌人时需灵活更换武功配置，例如对抗高防御目标需配备破防类武功，遭遇高速敌人则依赖减速控制。阵型布置会影响武功的覆盖范围，前排弟子适合装配反击类武功，后排则部署远程或治疗型技能。在血战等连续作战模式中，通过每三关选择的属性增益buff来强化特定武功效果，这种累积优势的策略尤为重要。
表面上强势的武功组合未必适合所有战局，有时需故意保留低触发率的高伤武功作为威慑，迫使敌方分散防御资源。部分武功具有隐藏机制，如连续攻击触发额外效果或血量临界时增强威力，这些特性需要在实战中反复测试才能完全掌握。真正的武功大师不仅精通招式本身，更懂得如何通过技能组合制造心理压迫，从而掌控战斗节奏。
