隐藏关卡是游戏深度探索的重要部分，目前已知的三大隐藏关卡分别为溶洞、沼泽和墓穴。这些隐藏关卡通常出现在第二层（2-1）且与特定的一层关卡相关联。每个隐藏关卡都有独特的进入方式，需要玩家在对应的一层关卡中完成特定条件才能触发。隐藏关卡的难度较高，但击败BOSS后能获得特殊BUFF奖励，前提是无伤通关。
溶洞关卡的触发条件是玩家在冰雪关卡的BOSS房间内发现一条被堵住的路。击败BOSS后，天上会掉落一个牢笼，解救其中的矿工并与之对话，矿工会打开被堵住的路，跟随矿工即可进入溶洞。5.0.0版本新增的矿工角色可以直接使用技能越过障碍到达矿洞。溶洞关卡的地面布满冰面，玩家移动时会打滑，且爆炸或冲击波可能触发冰刺坠落造成伤害。
沼泽关卡需要在森林关卡的普通房间中找到奉献池。将武器投入池中会转化为光球，并显示文字提示你的奉献将成为主的食粮。当玩家进入BOSS房间时，无论原本的BOSS是什么，都会被强制替换为变异哥布林祭师。击败变异祭师后会出现紫色传送门，通过传送门即可进入沼泽。沼泽地形会减缓玩家移动速度，但宝箱会自动开启且金币与能量球掉落数量增加。
墓穴关卡要求玩家在遗迹关卡的BOSS房间内发现另一条通道。通道前设有棋盘谜题，玩家需通过方向键移动符文，使相同符文相连且填满所有格子。解谜有时限，失败后可使用一拳或超级大宝贝暴力破门，但会获得隐藏成就大力出奇迹。墓穴关卡中的敌人强度较高，建议携带毒盾和火盾天赋以应对毒蜘蛛和爆炸蜘蛛的威胁。
隐藏关卡的设计体现了游戏对探索与解谜机制的重视。玩家需注意观察关卡环境细节，如冰雪关的矿工牢笼、森林关的奉献池以及遗迹关的棋盘机关。部分隐藏关卡存在版本差异，例如溶洞关卡在5.0.0版本后可通过矿工角色技能直接进入。隐藏关卡BOSS的击败奖励与玩家表现直接相关，无伤通关可获得增益BUFF，而死亡复活后则会附加减益效果。
