二周目开始时，你会发现自己站在家门口，大木博士会主动来找你。如果之前已经收集了60种以上的宝可梦，博士会帮你升级图鉴至全国模式，这是开启二周目的关键条件。之后前往精灵联盟会发现四天王暂时无法挑战，需要先完成七岛任务。从枯叶市乘船前往一之岛，与网络中心的NPC对话，得知需要修复机器的红宝石。前往灯火山右侧洞穴，击败火箭队余党并取得红宝石，交给NPC后获得彩虹通行证，解锁七岛之间的自由通行。
接下来需要前往四之岛，这里会遇到小茂但不会发生战斗。科拿的家就在岛上，冲浪进入右侧的冰洞，利用碎冰机制攀爬瀑布，取得HM07攀瀑。在洞穴深处帮助科拿击败火箭队成员，得知他们的下一个目标是五岛的火箭队仓库。抵达五岛后，击败火箭队小兵但无法进入仓库，需要先找到蓝宝石。从五岛向上冲浪，左侧小岛的老爷爷会赠送一颗宝可梦蛋，记得留出空位。
继续探索六岛，从右侧海滩冲浪进入标记森林，穿过森林后可以进入变化洞窟。在六岛右侧的洞穴中用居合斩开门，按顺序探索取得蓝宝石，但会被NPC抢走。返回五岛火箭队仓库，用密码进入后击败仓库内的NPC夺回蓝宝石。将蓝宝石交给一岛网络中心的NPC，完成设备修复，解锁与宝石版游戏的通信功能。七岛的训练师之塔是提升实力的好地方，岛上的山谷中央洞穴需要推动石头解锁遗迹中的未知图腾。
最后回到关都地区，华蓝市的洞穴看守人已离开，冲浪进入华蓝洞窟。这里路线复杂，建议直通下层避免绕路。洞穴深处可以遇到LV70的超梦，准备好高级球和状态恢复道具。四天王的队伍强度显著提升，冰天王使用LV64白海狮和LV66乘龙，毒天王以LV66耿鬼为核心，龙天王的LV72快龙是最大威胁。合理搭配队伍属性，利用道具和技能优势，逐步攻克四大天王。
完成二周目后，游戏仍可继续探索隐藏要素和挑战。七岛任务和宝可梦收集是核心内容，全国图鉴的完成度决定最终成就。保持耐心和策略，享受二周目带来的全新体验。
